Margherita (Marina nella "passio" greca attribuita ad un certo Timoteo che è la fonte principale per la biografia) nasce nel 275 ad Antiochia di Pisidia, all'epoca una delle città più fiorenti dell'Asia Minore, (oggi vicino le rovine della città è situata la borgata turca di Yalovaè del distretto di Iconio); Paolo e Barnaba in uno dei loro viaggi vi si fermarono per predicare Gesù Messia e Figlio di Dio ottenendo molte conversioni.
Il padre Edesimo o Edesio era sacerdote pagano, per questo ruolo la famiglia di Margherita spiccava per agiatezza e nella vita sociale e religiosa della città. Nessuna notizia si ha della madre. Margherita presumibilmente rimane orfana di madre dai primi giorni di vita, tanto che il padre la affida ad una balia che abita nella campagna vicina.
La balia segretamente cristiana, educa Margherita a questa fede e quando ritenne che fosse matura la presentò per ricevere il battesimo. Tutto ciò avvenne, ovviamente, ad insaputa del padre.
Siamo durante il periodo delle persecuzioni scatenate da Massimiano e Diocleziano, Margherita crescendo apprendeva la storia di eroismi dei fratelli di fede, irrobustiva il suo spirito ispirandosi al Vangelo, si sentiva decisa ad emulare il coraggio dimostrato dai cristiani davanti alla crudeltà delle persecuzioni e nelle sue preghiere chiedeva di essere degna di testimoniare la sua fedeltà a Cristo.
Il padre ignaro di tutto ciò decide di riprendere la figlia ormai quindicenne presso la sua casa di Antiochia. Margherita fu subito a disagio sia per il distacco dalla nutrice, che per lo stile di vita che teneva presso la casa paterna colma di agi.
Una sera chiese al padre cosa rappresentassero quelle statuette e le lampade che erano in casa, il padre spiegò che quelli erano gli idoli che adorava ed invitò Margherita a bruciare incenso per loro. Ella ascoltava quasi indifferente quello che il padre le diceva, il padre credette che Margherita mancava di una educazione religiosa adeguata al proprio rango sociale, la affidò così ad un maestro di sua conoscenza che dirigeva una scuola dove si insegnava un po' di tutto. Margherita non gradiva gli insegnamenti pagani e dopo poco tempo rivelò al padre di essere cristiana. Per tale motivo, il padre non esitò a mandarla via di casa, quindi Margherita ritornò dalla sua balia che l'accolse come reduce vittorioso di un'aspra battaglia. In campagna Margherita si rese utile pascolando il gregge e per le altre necessità che si presentavano; essa dedicava molto tempo alla preghiera, in particolare pregava per il padre e per i fratelli nella fede che venivano sempre più spesso perseguitati.
Un giorno mentre conduceva le pecore al pascolo, Margherita, venne notata da Oliario, nuovo governatore della provincia; appena la vide rimase colpito dalla sua bellezza e ordinò che gli fosse condotta dinnanzi.
Dopo un lungo colloquio il governatore non riuscì nell'intento di convincere Margherita a diventare sua sposa, essa si dichiarò subito cristiana e fu irremovibile nel professare la sua fede. Il governatore, dopo un lungo interrogatorio, alle risposte di Margherita, controbatte con la flagellazione e l'incarcerazione.
Secondo la tradizione, in carcere a Margherita appare il demonio sotto forma di un terribile drago, che la inghiotte, ma lei armata da una croce che teneva tra le mani, squarcia il ventre del mostro sconfiggendolo. Da questo fantastico episodio, nacque nella devozione popolare quella virtù riconosciuta a Margherita, di ottenere, per la sua intercessione, un parto facile alle donne che la invocano prima dell'inizio delle doglie.
Dopo un breve periodo di carcere, Margherita è sottoposta ad un nuovo martellante interrogatorio davanti a tutta la cittadinanza, anche in quest'occasione, essa non esita a proclamare a tutti la sua fede e l'aver dedicato a Cristo la sua verginità. Ancora una volta viene invitata ad adorare ed offrire incenso agli dei pagani, ma lei si rifiuta e menziona il brano del vangelo di Matteo dicendo "quando sarete dinnanzi a magistrati e ai presidi, non vi preoccupate come o che cosa dovete rispondere, perché lo Spirito del Padre vostro, che sta nei cieli, parlerà per voi".
Mentre tutti osservavano quanto stava succedendo, una forte scossa di terremoto fece sussultare la terra e apparve una colomba con una corona che andò a deporre sul capo di Margherita.
Questo fatto prodigioso, le affermazioni di Margherita, il suo rifiuto delle pratiche pagane e le molte conversioni che avvennero, mandarono su tutte le furie il governatore che emise la sentenza di condanna per Margherita: "Venga decapitata fuori della città".
Margherita fu decapitata il 20 luglio 290 all'età di quindici anni.
Il corpo venne raccolto e portato in luogo sicuro dai fedeli dove fu fatto oggetto di grande venerazione.
Secondo la tradizione un pellegrino di nome Agostino da Pavia, nel secolo decimo, riuscì a trafugare, dopo varie peripezie, il corpo di S. Margherita e trasportarlo in Italia, a Roma per proseguire verso Pavia. Durante il viaggio, si fermò a Montefiascone, dove fu accolto dai benedettini del monastero di Santo Pietro ai quali raccontò le vicende del suo viaggio. Dopo qualche giorno il pellegrino si ammalò e morì, raccomandando ai monaci di conservare e venerare la preziosa reliquia.
Da qui cominciò a diffondersi il culto di S. Margherita per tutta l'Italia ed in altri paesi dell'Europa, molte città si pregiarono erigere chiese in suo onore.
La fama di S. Margherita è così importante da essere inserita tra i "quattordici Santi Ausiliatori", con questo nome vengono designati un gruppo di 14 santi alla cui intercessione il popolo cristiano suole far ricorso in momenti difficili. Essi sono: Acacio, Egidio, Barbara, Biagio, Cristoforo, Ciriaco, Dionigi, Erasmo, Eustachio, Giorgio, Caterina, Margherita, Pantaleone e Vito.